日期:2021.11.24
今日,华大基因在BMC Bioinformatics上发表了自主研发的GSA(Genomic Scar Analysis)算法技术文章(GSA: an independent development algorithm for calling copy number and detecting homologous recombination deficiency (HRD) from target capture sequencing , DOI 10.1186/s12859-021-04487-9),该文章系统性地阐述了华大基因这款基于东亚人群高频SNP位点特征设计的靶向捕获Panel,以及自主研发的GSA算法。该算法的核心点在于树状递归分段模块、肿瘤纯度和倍性矫正模块,并基于临床样本的BRCA双突变特征,确定了本方法的生物学阈值为30分。
由于HRD评分需要衡量整个基因组的不稳定性状态,SNP位点的选择应能代表整个基因组。WES芯片具有足够数量的SNP位点,但均一性欠佳;常规Pan-Cancer芯片中SNP位点的数量和均匀程度,大多聚焦于肿瘤驱动基因的编码区,均无法满足HRD的分析需求。华大基因基于东亚人群的高频SNP位点设计了一款HRD靶向捕获Panel,SNP位点均匀分布于整个基因组上。
基因型是否判断准确,主要取决于BAF和拷贝数之间是否符合逻辑关系。将GSA算法预测的基因型结果与PureCN和ASCAT两个软件的预测结果进行了对比,GSA算法可以准确地给出符合逻辑关系的基因型并且添加了离群点去除的算法,减少离群点对基因型判断结果的影响。
作为基因组瘢痕检测方法的金标准,Affymetrix OncoScan Assay是一种基于SNP Array技术的检测产品,可实现50-300kb的CNV和LOH的检测,但由于其需要特殊的检测设备,便利性较差,成本较高。经过优化,华大基因HRD Panel与SNP Array检测方法计算得到的HRD Score的一致性可达到0.98。
基于195例临床样本,采用ROC曲线的方法,以BRCA-Deficiency样本为阳性集合,以BRCA野生型样本为阴性集合,以达到95%的灵敏性为目标,确定了本方法的生物学阈值为30分,最终ROC面积为88.3%,灵敏度为95.2%。
华大基因基于中国人群的遗传多态性数据,自主设计了一个能够覆盖约十万个单核苷酸多态性(SNP)位点的panel,在确保纳入的SNP位点与中国人群一致的同时,又能有效覆盖整个基因组;并自主开发HRD score核心算法(GSA)。同时考虑到HRR胚系信息对患者及其亲属遗传风险的重要性,以及免疫治疗方面的重要性,推出了能够满足不同需求的一站式检测方案——华然迪®同源重组修复(HRD)检测系列产品,只为提供一个全面的科学的检测产品,为患者带来更多的获益。