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更新速递 | BGI-PETA新功能新体验,助力肿瘤数据探索

日期:2021.08.20

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BGI-PETA(Pan-cancer Encyclopedia of Trans-omics Analysis)泛肿瘤跨组学百科全书,是华大肿瘤大数据服务系统。帮助用户管理和分类海量数据、总结和分析数据规律、深度挖掘数据,从而助力临床决策、新思路探索及科研产出。

BGI-PETA高度重视用户体验,基于大家的反馈,我们上线了多个新功能,一起来看看。

1. 新增基因变异详情,全面获取详细信息

您在使用BGI-PETA时,想要查看样本集内某个基因的整体变异情况时(例如非小细胞肺癌中EGFR基因变异情况[1]),可以使用基因变异详情新功能。



如图所示,当您点击EGFR基因时,网页将跳转至EGFR基因的变异详情页面。



在该页面,该页面展示EGFR基因上的变异占比情况,变异分布情况以及每个变异的详细数据。让您从整体到具体变异位点,全面获取需要的信息[2]

2. 上线相似研究推荐 ,构建研究关系网络

通过多特征智能运算(Intel-Matcher),BGI-PETA可提供您正在分析的数据集合在库内的相似研究集合,并按照相关性强弱进行排序展示,从而在数据挖掘时为您提供更多参考。



*说明:此功能为公测版本,如有问题反馈或建议可联系bgi-peta@genomics.cn。


3. 更多模块升级迭代,不断提升用户体验

基因整体统计图表:增加基因检出频率中CNV, Fusion两个类型的频率统计,让您对基因变异情况一目了然。




变异筛选条件:增加胚系变异分级,增加变异是否有用药推荐的状态。公共数据两类缺失信息利用华大内部数据库进行补充,为您提供更多变异解读信息。



日期展示图标:新增折线展示功能,以天、月、年三个维度对样本变化情况进行展示,让您对项目样本的管理统计更加便捷。



可视化页面饼图:新增鼠标停留展示列表功能,方便您选择较小比例样本集合。



JupyterHub升级:更加简单的工具集成平台让您省时省力进行数据挖掘。



* 说明:此功能需单独向bgi-peta@genomics.cn申请操作权限,经审批通过后方可使用。

BGI-PETA系统将不断优化更新功能,为您提供更便捷的可视化平台及数据挖掘系统。


参考文献:
1.Campbell JD., et al. (2016) Distinct patterns of somatic genome alterations in lung adenocarcinomas and squamous cell carcinomas. Nat Genet. Jun;48(6):607-16.
2.Guo, X., et al. (2020). G3viz: an R package to interactively visualize genetic mutation data using a lollipop-diagram. Bioinformatics, 36(3), 928-929.
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