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【2020 AACR】华大数极合作项目——关于基于基因组和表观遗传异常的肝癌液体活检诊断标志物研究亮相AACR

日期:2020.05.25

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受全球新冠疫情的影响,美国癌症研究学会(AACR)2020年度会议取消了线下会场,预先设定的相关会议内容将以线上形式呈现给大家。华大数极依托于华大基因自主高通量测序平台, 联合复旦大学附属中山医院等临床机构开展了一项多中心研究,分别研究和验证了针对基因组和表观组学变异的液体活检技术在肝癌诊断上的性能,并与蛋白标志物的检测性能进行了比较 。该项研究成果即将在2020年AACR会议上以墙报的形式公开亮相,这里就让我们先睹为快吧!


基于基因组和表观遗传异常的肝癌液体活检诊断标志物研究

The genetic and epigenetic abnormalities of plasma cfDNA as liquid biopsy biomarkers to diagnose hepatocellular carcinoma


研究背景:医学研究发现,肝癌早诊早治能够明显改善患者的预后和提高生存率。对肝癌高危人群的筛查和监控,有助于肝癌的早发现、早诊断、早治疗,是提高肝癌患者治疗效果和生存率的关键。近年来, 肿瘤细胞坏死或凋亡过程中释放至外周血中的DNA(Circulating tumor DNA,ctDNA)的发现为癌症液体活检技术的发展提供了基础,同时也为癌症早筛和早诊提供了新的思路和方向。但是,ctDNA的信号常常淹没在大量游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)的背景中,因此,高效的新型检测技术的开发和有效的分子标志物的发现十分关键。近年来,致力于这一领域的企业和研究机构等纷纷投入到液体活检标志物的探索工作中,但是不同检测维度生物标志物的诊断性能孰优孰劣仍然缺乏严谨的临床研究和验证。


研究方法:该项研究对260例早中期肝细胞癌患者(巴塞罗那分期0-C期)和180例年龄匹配的健康人对照的外周血cfDNA进行了平行的超高深度测序和靶向重亚硫酸盐测序(图1),以检测ctDNA可能携带的肿瘤驱动基因突变及甲基化变异。在训练集样本上完成特征鉴定和模型构建后,研究者在一个包含了112名肝细胞癌和96名健康对照的独立验证集中对诊断模型进行了验证。

图 1 研究方法与队列设计


研究结果:结果显示,在这一验证集中,基于甲基化的诊断模型实现了高达82.9%的灵敏度和93.8%的特异性;同时,基于肿瘤驱动基因突变的检测在这一验证集中实现了43.8%的灵敏度和97.9%的特异性。这一结果表明,甲基化检测的诊断能力显著优于突变检测。值得注意的是,基于甲基化变异的诊断模型在早期肝癌(BCLC分期0期及A期)的样本中分别达到了53.6%和89.8%的检测灵敏度,显著高于临床常用的血清肝癌诊断标志物甲胎蛋白(AFP)的灵敏度(图2)。

图 2 不同标志物在独立验证集中的肝癌检测灵敏度



研究结论:本项研究的结果显示,通过检测cfDNA甲基化异常可以实现有效的无创肝癌检测,且相对于肿瘤驱动基因突变或血清蛋白标志物,能达到更高的检测灵敏度。这一研究成果对于基于液体活检技术的肝癌早筛早诊研究提供了新的启示。


更多研究细节即将在6月22日至24日召开的AACR虚拟线上会议正式亮相,敬请关注。

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